شف تقرير ديوان المحاسبة 2016 عدم قيام المؤسسة الأردنية لتطوير المشاريع الاقتصادية باتخاذ الإجراءات القانونية لتحصيل الذمم المستحقة على المستثمرين، والبالغة 130202 ومن ضمنها 56942 دينارا على بعض المستثمرين الذين اخلوا مواقع الاستثمار دون تسديد الذمة المالية المترتبة عليهم. وأظهر تدقيق حسابات المطلوبات المتداولة في المؤسسة خلال الفترة 2013-2015، عدم قيام المؤسسة باتخاذ الإجراءات اللازمة بحق المستفيدين من صندوق تنمية المحافظات والمتخلفين عن تسديد الأقساط المستحقة عليهم من جانب اخر تناول التقرير على انه خلال العام 2015، بيّن تعيين 17 موظفا بعقود سنوية، علما أن عدد الشواغر الواردة في إعلان المؤسسة هي ثلاثة عشر شاغرا فقط. و بين تقرير ديوان المحاسبة الخامس والستون لعام 2016، تعيين أحد الموظفين وهو يحمل بكالوريوس حقوق، رغم أن المؤهل المطلوب هندسة صناعية، أو محاسبة أو اقتصاد أو إدارة، وأن الخبرة المطلوبة خمس سنوات في حين أن خبرته سنة واحدة فقط، ودون عقد امتحان تنافسي له، واعتماد نتيجة المقابلة الشخصية فقط. ووفق التقرير، بعد أقل من ثلاثة شهور من تعيينه، تمت زيادة راتبه الشهري ليصبح 1625 دينارا بدلا من 1150 دينارا بموجب مذكرة مدير البرامج الأوروبية دون وجود سند قانوني ودون إبراز تعديل للعقد المبرم.