اظهر تقرير ديوان المحاسبة السنوي لعام 2016 تجاوزات في تعيينات هيئة الاستثمار خلال العام، تعلقت بتعيين 20 موظفا بعقود شاملة لجميع العلاوات. وذكر التقرير انه تم تعيين موظفة تحمل شهادة بكالوريوس هندسة بعقد شامل لجميع العلاوات وبراتب شهري مقداره 1800 دينار، بالرغم من انها منتدبة للعمل في الهيئة من وزارة الشؤون البلدية، وتم اختيارها عضو في لجنة المقابلات للتعيينات، ولم يجرى لها المقابلة اللازمة اسوة بباقي الموظفين الذين تم تعيينهم. وتبين تعيين موظفين دون وجود اسماء لهم في كشف المقابلات، اضافة الى تعيين موظفين بعقود شاملة لجميع العلاوات علما ان وظائفهم غير مدرجة على تشكيلات الوظائف لعام 2016، ومنها تعيين موظفي هندسة مساحة برواتب 600 دينار و700 دينار شهريا. كما تم تعيين 6 موظفين ضباط ترويج تتراوح رواتبهم بين (700 - 1500) دينار، علما بأن العدد المدرج على جدول تشكيلات 2016 هو 3 فقط. وقامت الهيئة بتعيين موظفين بعقود شاملة وبرواتب عالية على اعتبار انهم كفاءات ويحملون خبرات طويلة، علما بانهم حديثي التخرج وليس لديهم خبرات. واظهر التقرير وجود فروقات في تحديد الرواتب للموظفين من ذات الفئة.